Gall effeithiau hirdymor gynnwys aflonyddwch, gorbryder acíwt, dibyniaeth, symptomau diddyfnu os cânt eu stopio'n sydyn, tymer flin, cur pen, gorbryder. Gwaethygu'r system dreulio a phroblemau'r galon. Os ceir llawer ohono, ac yn enwedig dros gyfnodau hir o amser, gall caffein arwain at gyflwr a elwir yn gaffeiniaeth. Mae caffeiniaeth fel arfer yn cyfuno dibyniaeth ar gaffein ag ystod o symptomau corfforol a meddyliol gan gynnwys nerfusrwydd, tymer flin, gorbryder, gwingo cyhyrau, anhunedd, cur pen, crychguriadau'r galon, a gall defnydd helaeth dros amser arwain at wlserau peptig a phroblemau gastroberfeddol eraill gan fod caffein yn cynyddu cynhyrchiad asid stumog. Mae pedwar anhwylder seiciatrig a achosir gan gaffein: meddwdod caffein, anhwylder gorbryder a achosir gan gaffein, anhwylder cysgu a achosir gan gaffein, ac anhwylder sy'n gysylltiedig â chaffein heb ei nodi fel arall (NOS).